Los primeros pobladores primitivos llegaron hace aproximadamente 12.000 años. El Hombre Temprano u Homo del Tequendama data del 6.375 a.c. donde se encontraron esqueletos humanos, utensilios de hueso y artefactos líticos o de piedra.
En el territorio de la ciudad de Tunja se han encontrado huellas arqueológicas desde el año 1.500 a.c.
Los Herrera es el nombre del periodo prehistórico de desarrollo cultural vivido entre los siglos IV a.c. hasta el siglo IX en el periodo conocido como formativo temprano, si bien se puede extender hasta las sociedades más complejas del Muisca temprano en el territorio central de la actual República de Colombia. De los Herrera heredamos la pinturas rupestres de Farfaca, los observatorios como cojines, del zaque, la moyas y varios monolitos en piedra de toneladas de peso.Durante más de dos mil años se establecieron distintos grupos humanos en predios de la ciudad.
Los científicos del Grupo de Arqueológico de la Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia UPTC, indican que en Tunja, el hombre prehistórico procede de diversos pueblos. Hacia el primer milenio después de Cristo, las tierras fueron habitadas por los Muiscas, un pueblo de la familia Chibcha proveniente de Centroamérica. Su vía de inmigración posiblemente fue a través de Panamá hacia la Región Andina.
Junza o Tchunza que en lenguaje chibcha significa “Varón poderoso” o “Varón prudente”. Tunja era el nombre que daban los Muiscas al Cacicato de los Zaques, cuyo extenso territorio comprendía los pueblos del Hunza o Tchunza (capital sede del Cacicato), Ramiriquí, Turmeque, Tibana, Tenza, Garagoa, Somondoco, Lenguazaque, Tuta, Motavita, Sora y otros pueblos indígenas mas pequeños.
Adoraban al sol. Todos los días antes del amanecer los Muiscas iban en procesión a los cojines, centro de culto, a rendir tributo de adoración al sol, allí cantaban danzaban.
Parece que existía una calzada o avenida que iba desde el cercado Quiminza hasta los cojines y se prolongaba a las piedras pintadas tras del alto en donde hacían los ritos de las siembras y las cosechas.
Otro lugar de importancia en Hunza era el templo de Goranchacha un adoratorio en homenaje al sol el cual se encontraba en las orillas del Pozo de Hunzahua en cuyo alrededor se hacían los enterramientos chibchas.
Los Hunza acostumbraban a una procesión religiosa que gastaba tres días en hacer el recorrido desde el cercado del Zaque (Quiminza) hasta el templo del sol, cercado Grande o de los Santuarios(en la actual UPTC).
Hacia la zona que hoy se llama alto de san Lázaro se ubicaba la loma de los ahorcados, lugar en donde se castigaban las faltas graves de los súbditos del cacique con la pena de la horca.
La culebra significaba para los indígenas el rayo y era sagrada, rendían culto al Sol y la luna, la vida, la naturaleza y la muerte. Fabricaban amuletos como figuras del sol y la luna en oro y plata, efigies en oro del hombre, culebras, ranas, lagartijas, leones,tigres, monos y raposas, Sus principales dioses eran el sol (Zue) la luna (Chia) y el agua.
Los sacerdotes Muiscas eran educados durante doce años llamados xeques, los seminarios eran dirigidos por ancianos.
Utilizaron los tunjos como ofrenda a su dioses, conocieron la técnica de momificación de los muertos principalmente a sus caciques.
El pueblo Muisca alcanzó el grado de desarrollo cultural más importante entre los aborígenes de sur América.
Los Hunzas llamaban Bachué a la madre del género humano,que salió de la laguna de iguaque. La diosa femenina sacó consigo de la mano aun niño de tres años, con quien bajó la serranía y el llano donde posteriormente emergió el pueblo de Iguaque. Construyó un bohio el cual se convirtió en la primera vivienda de los Muiscas; cuando el niño Iguaque creció en su desarrollo natural, Bachué se casó con él realizándose así el primer matrimonio de la humanidad. Esta unión fue tan importante y la mujer tan prolifera y fecunda, que en cada parto tenía entre cuatro y seis hijos, con lo cual se llenó muy pronto de gente la tierra. Cuando ya estaban viejos los progenitores del linaje humano chibcha, llamaron a sus descendientes y fueron acompañados hasta la laguna de Iguaque donde desparecieron covirtuendoce en serpientes en su lugar de origen.
El nombre de la actual ciudad se conoce desde los tiempos prehispánicos. Cuando Fonzaque fue de Ramiriquí a la cima de la cordillera llamada Gachaneque, miró hacia el norte, señaló con la mano un paraje de plano inclinado, árido, situado al pie de una colina no elevada y dijo: “allá será TUNJA”.
Según las bellas leyendas Chibchas el Zaque más antiguo de Tunja se llamó Hunzahúa oriundo de Ramiriquí. Este soberano era muy temido de sus súbditos. Se distinguió por su valor, hasta el punto de que el Zipa no pudo dominarlo por las armas. Tenía una hermana bastante hermosa, hermosura que superaba a la de todas las mujeres del imperio aborigen Hunzahúa se enamoró de su hermana y resolvió participar a la Casica el pensamiento que acariciaba su amante corazón. La madre no le dio la mano de su hija porque estaba prohibido que los Hunzas llevarán a cabo enlaces con las mismas hermanas.
La negativa llenó de tristeza el alma del rey de los chibchas. Hunzahúa resolvió marchar para Chipatae y se llevó robada su hermana. En Chipatae determinó tomarla por esposa; después de varios meses, los jóvenes en matrimonio volvieron a Tunja y llegaron a la casa Solariega. La madre no sabía el camino que habían tomado sus hijos, y cuando que vio que la bella india se aproximaba a ser madre la furia de la Cacica fue grande.
Ambas se hallaban sentadas junto a una olla de arcilla que contenía arcilla en preparación y fermento. La Cacica regañó a su hija por el enlace con su propio hermano. Se trabó una discusión entre la anciana y la joven que llegó hasta el acaloramiento. La vieja tomó la sana, palo que servía para revolver la chicha, lanzó un garrotazo a la muchacha, ésta se amparo detrás de la gacha, el golpe dio en la olla, la vasija se volvió pedazos, el liquido se derramó en el suelo y formó al instante un pequeño lago de agua no muy pura .
Hunzahúa y la hermana determinaron abandonar la capital del imperio, Hunzahúa antes de marchar, maldijo a la ciudad de Tunja, en los siguientes términos; #estéril quedarás, ciudad querida; ya nunca más flores ni árboles verán tu suelo; la tierra que te sostiene será desnuda y barrancosa para que no puedas extenderte, y porque fuiste ingrata y cruel con Hunzahúa, tu fundador, no tendrás más compañero que el viento ni más abrigo que el frío, ¡ Adiós Hunza, para siempre adiós!”.